La région de Djanet est habitée depuis le néolithique, il y a plus de 10,000 ans, à une époque où le désert n'occupait pas cette partie du Sahara.

La végétation et la faune étaient luxuriantes, comme le rappelle les très nombreuses gravures rupestres du Tassili qui entourent Djanet. Des populations de chasseurs-cueilleurs étaient installées.

Djanet est fondée au Moyen Âge par les Touaregs.